El Patronato es el máximo órgano rector de la Fundación y se reúne en Junta al menos dos veces al año. Lo forman diez miembros: ocho fijos y dos que varían.
Los ocho miembros fijos son representantes de las siguientes instituciones:
- Consejería de Cultura del Gobierno de Navarra (Dirección General de Cultura, Institución Príncipe de Viana)
- Hermandad de Ermitaños de Arnotegui (ostenta la presidencia)
- Ayuntamiento de Obanos (ostenta la vicepresidencia)
- Parroquia de San Juan Bautista de Obanos (ostenta la secretaría)
- Arzobispado de Pamplona
- Asociación de Amigos del Camino de Santiago de Pamplona
- Asociación de Amigos del Camino de Santiago de Estella
- Universidad de Navarra (desde 2023)
Los patronos que cambian son elegidos por los patronos fijos, y deben ser personalidades relevantes del ámbito cultural o artístico de la Comunidad Foral de Navarra. Lo habitual es que cambien cada cuatro años, y a fecha de noviembre de 2024 son:
- Román Felones Morras (ex Consejero de Educación, Cultura y Deporte del Gobierno de Navarra)
- David Gálvez Pintado, como director y representante de la Coral de Cámara de Pamplona.
